成果報告書詳細
管理番号100013471
タイトル平成19年度成果報告書 平成19年度採択産業技術研究助成事業 07C46056a タンパク質のネットワーク分子機能予測による創薬ターゲット同定手法の開発 平成19年度中間
公開日2009/3/27
報告書年度2007 - 2007
委託先名独立行政法人医薬基盤研究所水口賢司
プロジェクト番号P00041
部署名研究開発推進部
和文要約ネットワーク分子機能予測コンピュータシステムの構築について、1)既存のタンパク質解析ツールの検証とC型肝炎及び慢性炎症性疾患関連因子への応用、2)各種予測結果の統合へ向けた新規システムの開発、3)相互作用しているタンパク質ドメインのカタログ化に着手した。1)研究分担者から提供された、C型肝炎ウイルスコアタンパク質およびPA28γと相互作用する分子についてのデータ、STAT3を含む転写複合体形成に関するデータにもとづき、立体構造のモデリング、相互作用部位の予測等を実施。2)既存のタンパク質構造機能解析ツール6つについて、データウェアハウスシステムInterMineを使って入出力を統合するソフトウェアのプロトタイプを作成。3)タンパク質-タンパク質複合体形成による溶媒露出度の変化に着目した、タンパク質間相互作用部位の予測法の開発に向けて、複合体データベースを用いた予備的な解析を実施。
英文要約1) We have built comparative models of several key proteins and predicted interactions sites based on the data, generated by the co-investigators, on hepatitis C virus (HCV)-associated steatogenesis and hepatocarcinogenesis and chronic inflammatory diseases. 2) We have developed a prototype of an integrated database for novel target discovery using the InterMine data warehouse system. 3) We have analyzed known protein complexes, for the development of a novel algorithm for predicting protein interaction sites using the change of solvent accessibility upon complex formation.
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